2009年10月，甲公司接到大批产品订单且交货时间短暂，甲公司决定，从即日起的三个月内，每天加班三小时，休息日也不休息，等到交货后，甲公司按照国家综合计算工时制度的标准，给员工放假，让大家集中休息。经过两个月的赶工，甲公司按时交货了。然后，甲公司给员工集中放假一个月。但部分员工认为，甲公司应该支付加班费。甲公司却认为，公司已经宣布实行三个月的综合工时制度，而且也给员工放假了，因此不用支付加班费。那么在本案例中，甲公司是否需要向员工支付加班费，为什么？

本案中，甲公司需要支付加班费的。

根据《中华人民共和国劳动法》第三十九条规定，用人单行实行特殊工时工作制，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。

作为一项制度，特殊工时制包括许多种具体的工时制度，比较常见主要有：综合计算工时制、不定时工时制。

其中综合计算工时工作制是指单位以标准工作时间为基础，以一定的期限为周期，综合计算工作时间的工时制度。企业因生产特点不能实行标准工时制的，可以实行综合计算工时工作制，即分别以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。用人单位在保障职工身体健康并充分听取职工意见的基础上，采用集中工作、集中休息、轮休轮调等适当方式，确保职工的休息休假权利和生产、工作任务的完成。

综合计算工时工作制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。根据《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》（劳部发[1994]503号）规定，企业对符合下列条件之一的职工，可以实行综合计算工时工作制：

1.交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等到行业中因工作性质特殊，需连续作业的职工；

2.地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工；

3.其他适合实行综合计算工时工作制的职工。

而在本案例材料中，虽然甲公司存在特殊情况需要员工加班。但根据案例材料的提示“甲公司按照国家综合计算工时制度的标准”，可以看出甲公司实行综合计算工时工作制，是未经劳动行政部门批准通过的，故甲公司是无权实行综合工时制的，应当按照标准工时工作制计算工作和休息时间。

因此沐林劳动关系顾问认为，在无其他约定的情况下，本案中甲公司有权安排员工将休息日加班以调休方式处理，但需要支付员工工作日及10.1-10.3期间的法定节假日加班的加班工资。

此外，若本案中假设甲公司获得以季为周期综合计算工时制度的审批通过，我们应该注意甲公司是实行过程中是存在严重错误的：1）每个季度总工时应为8时×20.83天×3=500时／季，而本案中，员工实际总工时为11时×61天=671时／季，远远超过了综合计算工时制的规定，甲公司仍然要支付多余的加班工资；2)甲公司未考虑员工的身体健康权利，安排的加班时间每月均达90个小时，远远超过每月36小时的规定；3）甲公司安排职工从事实行综合计算工时的工种时，应在劳动合同中明确等书面形式告知职工。